Die zweite schlimmere Fehde erlebte Petershagen in Abwesenheit des Bischofs Franz II. von Waldeck, der sich 1552/53 meist in Iburg und Münster aufhielt. Der alte Feind Franzens, Herzog Heinrich von Braunschweig, überzog die Grafschaft Schaumburg und das Stift mit Krieg, um seinen Sohn Julius auf den Mindener Bischofsstuhl zu bringen. Franz hatte einen Landtag an den Brandenbaum zwischen Petershagen und Minden ausgeschrieben. Hier beschlossen die Stände am Dienstag nach Ostern, die Besatzung von Minden und Petershagen zu verstärken. 20 Bürger von Lübbecke wurden nach Petershagen geschickt. Lebensmittel wurden aus Bremen herangeholt. Herzog Philipp, der Sohn Heinrichs, wandte sich wider Erwarten zunächst gegen Iburg und Münster. Die Stifte Osnabrück und Münster raubte er aus. Am 23. April musste Franz II. in Münster auf das Stift Minden Verzicht leisten, damit hier Herzog Julius Bischof werden konnte. (Hestermann 2006)